• Despacho del Secretario.
• Inspección y Vigilancia Educativa
• Oficina Asesora Jurídica.
• Oficina Asesora de Planeación.
• Sub-Secretaria de Educación.
• Dirección de Calidad Educativa.
• Dirección de Educación Superior Ciencia y Tecnología.
• Dirección de Cobertura.
• Dirección de Infraestructura.
• Dirección de Medios y Nuevas Tecnologías.
• Dirección Administrativa y Financiera.
• Dirección de Personal de Instituciones Educativas.