La organización interna de la Secretaría de Salud es la siguiente:
1. Despacho del Secretario
1.1 Oficina Asesora de Planeación
1.2 Oficina Asesora de Asuntos Jurídicos
2. Dirección de Aseguramiento
3. Dirección de Salud Pública
3.1 Subdirección de Vigilancia de Salud Pública
3.2 Subdirección Gestión y Promoción de Acciones en Salud Pública
3.3 Subdirección de Laboratorios de Salud Pública
4. Dirección de Desarrollo de Servicios
5. Dirección de Inspección, Vigilancia y Control
6. Centro Regulador de Urgencias, Emergencias y Desastres -CRUE-
7. Dirección Administrativa y Financiera
ARTÍCULO 178. Misión de la Secretaría de Salud. Es misión de la Secretaría de Salud, conformar un equipo humano comprometido que dirige y gestiona el Sistema General de Seguridad Social en Salud y lidera acciones transectoriales en el Departamento de Cundinamarca, con el fin de contribuir al mejoramiento de la calidad de vida y a mantener y/o recuperar las condiciones en el estado de salud de la población cundinamarquesa.
ARTÍCULO 179. Objetivos de la Secretaría de Salud. Son objetivos de la Secretaría de Salud:
1. Dirigir la implementación, desarrollo y consolidación del Sistema General de Seguridad Social en Salud.
2. Dirigir y garantizar a la población en Cundinamarca el diseño, implantación, funcionamiento y control de una red de servicios de salud eficiente y efectiva, a partir de la estrategia de Atención Primaria.
3. Orientar y garantizar a la población en Cundinamarca el acceso de promoción, prevención, protección y cuidado de la salud.
ARTÍCULO 180. Funciones básicas de la Secretaría de Salud. Son funciones básicas de la Secretaría de Salud:
1. Dirigir y supervisar el cumplimiento del Plan Territorial de Salud y el Plan Departamental de Desarrollo en lo concerniente al sector salud.
2. Dirigir y supervisar, en coordinación con los municipios, asociaciones de municipios y la comunidad, la ejecución de políticas, programas y normas científico-técnicas nacionales, en materia de salud.
3. Promover la descentralización de la Salud, apoyando a los municipios en la adopción de las responsabilidades que les confiere la Ley.
4. Dirigir y supervisar el aseguramiento en salud, para garantizar el acceso de la población de Cundinamarca a los servicios de salud con oportunidad, continuidad e integralidad.
5. Dirigir y supervisar el desarrollo del sistema de seguridad social en los distintos regímenes, como mecanismo estatal que garantiza la real cobertura de servicios de salud.
6. Dirigir y supervisar el diseño, adopción y funcionamiento de la Red Prestadora de Servicios de Salud del Departamento bajo los principios consagrados en los lineamientos normativos nacionales o departamentales existentes.
7 Dirigir y supervisar el diseño, adopción y articulación del modelo de atención en salud con el modelo de prestación de servicios de salud para el Departamento.
8. Dirigir y supervisar, en los términos consagrados en las disposiciones legales, la administración y control del régimen de participaciones que le corresponda al sector y los demás ingresos con destinación específica para la prestación de los servicios de salud en el Departamento.
9. Dirigir y supervisar el Fondo Departamental de Salud, conforme a las disposiciones legales, en coordinación con la Secretaría de Hacienda.
10. Dirigir, supervisar y articular las funciones entre la Nación, los municipios y los demás actores del Sistema General de Seguridad Social en Salud, con el fin de garantizar la prestación de servicios a la población en Cundinamarca.
11. Dirigir y supervisar la adopción y ejecución de planes y programas de capacitación y educación continuada del personal del sector salud, en coordinación con las entidades especializadas.
12. Dirigir, coordinar y supervisar los programas de prevención y atención de emergencias y desastres, en materia de salud, en concordancia con las entidades territoriales y el nivel Nacional.
13. Dirigir y supervisar el cumplimiento de las disposiciones legales en materia de salud y del derecho fundamental a la salud, de conformidad con las normas vigentes y las decisiones judiciales.
14. Promover el desarrollo de investigaciones en el marco de los ejes del Sistema General de Seguridad Social en Salud.