Es misión de la Secretaría de Salud, conformar un equipo humano comprometido que dirige y gestiona el Sistema General de Seguridad Social en Salud y lidera acciones transectoriales en el Departamento de Cundinamarca, con el fin de contribuir al mejoramiento de la calidad de vida y a mantener y/o recuperar las condiciones en el estado de salud de la población cundinamarquesa.

Son funciones básicas de la Secretaría de Salud:

1. Dirigir y supervisar el cumplimiento del Plan Territorial de Salud y el Plan Departamental de Desarrollo en lo concerniente al sector salud.

2. Dirigir y supervisar, en coordinación con los municipios, asociaciones de municipios y la comunidad, la ejecución de políticas, programas y normas científico-técnicas nacionales, en materia de salud.

3. Promover la descentralización de la Salud, apoyando a los municipios en la adopción de las responsabilidades que les confiere la Ley.

4. Dirigir y supervisar el aseguramiento en salud, para garantizar el acceso de la población de Cundinamarca a los servicios de salud con oportunidad, continuidad e integralidad.

5. Dirigir y supervisar el desarrollo del sistema de seguridad social en los distintos regímenes, como mecanismo estatal que garantiza la real cobertura de servicios de salud.

6. Dirigir y supervisar el diseño, adopción y funcionamiento de la Red Prestadora de Servicios de Salud del Departamento bajo los principios consagrados en los lineamientos normativos nacionales o departamentales existentes.

7. Dirigir y supervisar el diseño, adopción y articulación del modelo de atención en salud con el modelo de prestación de servicios de salud para el Departamento.

8. Dirigir y supervisar, en los términos consagrados en las disposiciones legales, la administración y control del régimen de participaciones que le corresponda al sector y los demás ingresos con destinación específica para la prestación de los servicios de salud en el Departamento.

9. Dirigir y supervisar el Fondo Departamental de Salud, conforme a las disposiciones legales, en coordinación con la Secretaría de Hacienda.

10. Dirigir, supervisar y articular las funciones entre la Nación, los municipios y los demás actores del Sistema General de Seguridad Social en Salud, con el fin de garantizar la prestación de servicios a la población en Cundinamarca.

11. Dirigir y supervisar la adopción y ejecución de planes y programas de capacitación y educación continuada del personal del sector salud, en coordinación con las entidades especializadas.

12. Dirigir, coordinar y supervisar los programas de prevención y atención de emergencias y desastres, en materia de salud, en concordancia con las entidades territoriales y el nivel Nacional.

13. Dirigir y supervisar el cumplimiento de las disposiciones legales en materia de salud y del derecho fundamental a la salud, de conformidad con las normas vigentes y las decisiones judiciales.

14. Promover el desarrollo de investigaciones en el marco de los ejes del Sistema General de Seguridad Social en Salud.