En la Región hidrográfica del rio Magdalena se encuentran las Cuencas del río Bogotá, río Negro, Río Suárez, río Minero, río Ubaté, río Sumapaz y río Magdalena.

En la Región hidrográfica del rio Meta están las Cuencas del Río Guavio, Río Negro, Río Humea, Río Guatiquía y Río Machetá.