El territorio de Cachipay estuvo habitado en épocas prehispánicas por los indígenas panches de la familia caribe, tribu de los Anolaimas.
Los Panches de este sector fueron divididos en pequeños resguardos: Cayundá, Calandaima y Petaluma, sometidos a los españoles que establecieron una retaguardia en esta provincia ante la aparición de nuevo conquistadores Sebastian de Belalcázar y Nicolas de Federmann. En este tiempo fueron víctimas de las represalias de los conquistadores contra el cacique Tocaima por intentar, según los españoles, una alianza para invadir la Sabana de Bogotá. En los siguientes años las epidemias de viruela y gripe diezmaron la población indígena y estos territorios quedaron casi inhabitados; su historia está ligada a la de los vecinos municipios de Anolaima, La Mesa y Zipacon.
A finales del siglo XIX después de la Independencia y de la inestabilidad política de la nueva patria, se fueron instalando haciendas ganaderas y agrícolas, en especial en la hoy inspección de Peña Negra. En algún momento se creó una pequeña tienda Rural donde se vendían mochilas de fique, y por ello el sitio fue conocido como "Puerto Mochilas". En 1910 se iniciaron trabajos para la construcción del ferrocarril Facatativá–Girardot, y ubicaron la estación en donde actualmente se halla el casco urbano del municipio, entonces perteneciente a Anolaima. Se cree que una palma del fruto Cachipay, parecido al corozo, cerca de la estación, habría dado el nombre al municipio. En otra versión se habla de un cacique "Cachipay' con jurisdicción sobre el resguardo de Petaluma.
Lo benefactor del clima y la fertilidad de la tierra fueron atrayendo nuevos pobladores en los siguientes años, además la travesía en tren desde la sabana era uno de los mejores atractivos turísticos para la sociedad bogotana que con frecuencia visitaban esta región, lo que convirtió tempranamente a este poblado en un lugar de veraneo y por ello se desarrolló una industria del turismo acorde a las necesidades del momento mientras se fueron construyendo edición icónicos como el hotel La Bagatelle.
Por Ordenanza N° 9009 del 16 de abril de 1923 se creó la Inspección Departamental de Cachipay, entonces perteneciente al municipio de Anolaima. También en la década de 1950 se construyó la actual parroquia católica Nuestra Señora del Carmen. A lo largo del siglo la gran mayoría del paisaje rural se cubrió de cafetales, siendo ésta la base dela economía municipal hasta finales del siglo XX. En 1968 se presentó un proyecto de Ordenanza para convertir a Cachipay en municipio. En 1975 cesó el paso del tren como medio de comunicación y transporte de carga, por el intenso uso del transporte automóvil. En 1982 se declaró municipio mediante ordenanza N° 006 demandada por la asamblea de Cundinamarca, siendo gobernador Manuel Guillermo Infante Brayman y se Eligio a su primer alcalde, por decreto al señor ramiro Castañeda, por elección popular fue elegido alcalde el señor Tico Quevedo. La oposición de las autoridades civiles de Anolaima fue un obstáculo inicial, pero en 1991 se confirmó a cachipay como el municipio 114 de Cundinamarca, por artículo transitorio N°40 de la constitución nacional.
La Caída del precio internacional del café sumado a la crisis económica que se inició en Latinoamérica desde 1998 dio cambios sustanciales a la producción primaria de la economía, así extensas fincas cafeteras fueron reemplazadas por cultivos de follajes para exportación siendo actualmente el principal renglón de la economía en Cachipay. Sin embargo, es para destacar el interés de algunas fincas cafeteras por promover el comercio del café orgánico tipo exportación y listo para su consumo lo que da el valor agregado a cada finca. Entre otros encontramos frutas y verduras
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