A la palabra Facatativá se le dan varios significados o interpretaciones, siendo las más aceptables las siguientes: Cercado fuerte afuera de la labranza, capitania en la cuevas de piedra a fuera de la labranza, mansión de piedra, dominio del soberano y gobierno militar, afuera de la labranza, cueva de piedra. Mansión del soberano y capitanias, fortaleza de la frontera afuera de la labranza; se descomponen así: Fac, afuera; a genitivo de posesión, ta, labranza; ca y ta de piedra, tiba, capitán, que vinieron a formar el vocablo. FAC A HI CA TA, TIBA que con el correr del tiempo quedó reducido a Facatativá.
También es común la traducción cercado fuerte al final de la llanura. Acosta Otegón en su diccionario la traduce como Capitán del cercado y la labranza de afuera. En 1595 había en lo que hoy es Facatativá tres poblamientos aborígenes importantes: Facatativá, Chocca y Niminxaca. Fue fundada por el Oídor Diego Gómez de Mena el 3 de julio de 1600 según se desprende del acta de visita del Oídor, Gabriel de Carvajal de 1639.
La Iglesia del nuevo pueblo fue contratada por Gómez de Mena con el Alarife Domingo Moreno en Santafé por escritura del 2 de agosto de 1601, su valor de 900 pesos. El 17 de junio de 1639 llegó de visita el Oídor Gabriel de Carvajal a verificar los linderos. Por auto de 13 de julio de 1639 ordenó la repoblación que se llevó a cabo el 13 de octubre del mismo año. En 1786 el Cura Juan de la Mata Salazar y Caicedo denunció el estado de ruina de la iglesis averiada por terremoto de 12 de julio de 1785, entonces inició su reconstrucción el 12 de mayo de 1787.
La Iglesia estaba en el sitio donde después fue el convento de los Agustinos. Pero un nuevo terremoto la averió el 16 de noviembre de 1827. Sin embargo se sostuvo hasta 1870, año en que se puso la primera piedra para un nuevo templo, en el lugar donde hoy se encuentra, siendo entonces Párroco Fray Gervasio García. La Iglesia fue inaugurada el 6 de agosto de 1895 siendo Párroco el Cura Agustino Pedro Salazar quien hizo además la Casa Cural, el Colegio San Agustín, el Hospital y el Cementerio.
Semidestruída por el temblor del 9 de febrero y junio de 1967 se reconstruyó bajo la administración del Obispo Monseñor Raúl Zambrano Camader por la firma Vargas Triana & COPRE. El 20 de julio de 1911 se inauguró un obelisco en la "Plaza de la República" hoy llamada de "Santander" en honor de los mártires de la independencia sacrificados allí el 31 de agosto de 1816. Por Facatativá entro la civilización al Nuevo Reino de Granada fue plaza de intercambio de productos de tierra fría y caliente.
A mediados del siglo XIX se contruyo el camino de Los Manzanos a Bogotá. Facatativá fue escenario de numerosos combates y hechos hostóricos que sucedieron en la querras de independencia y civiles en el siglo pasado.
Por Ordenanza No. 9 de enero de 1856 de la Cámara Provincial de Bogotá, cuyo proyecto presentó el Gobernador Pedro Gutiérrez Lee, se erigió en Villa la Parroquia de Facatativá reconocida por la Legislatura de Estado Independiente de Cundinamarca. Por Decreto de 9 de marzo de 1848 del Presidente Tomás Cipriano de Mosquera se erigió a Facatativá capital del Cantón de Funza, por conveniencia y en consideración a su situación geográfica.
La primera partida de los libros parroquiales data de 1692, firmada por el Cura Sebastían Rodríguez, sucesor de Juan García Duque en 1685 lo había sido Bernardo de Guzmán Ponce de León y Saavedra. Lo anterior quiere decir que faltan los primeros libros. El 21 de mayo de 1781 llegaron a Facatativá el Capitán José Antonio Galán y el Teniente Nicolás José de Vesga con una companía de 100 Comuneros que Juan Francisco Berbeo les había dado el día anterior en Nemocón para perseguir al Regente Gutiérrez de Piñeres.
En 1851 se estableció la Notaría y el 28 de febrero 1859 la Oficina de Registro del Circuito. El 17 de enero de 1865 la Asamblea del Estado dictó aquí la Quinta Constitución de Cundinamarca. En este mismo año se inauguró el servicio telegráfico. El 14 de diciembre de 1869 el Gobierno Nacional contrató con William Lee Stiles la construcción de la línea telegráfica a Faca-Villeta-Guduas-Honda; a empalmar con la de Ambalema y Manizales, hecha por el mismo Ingeniero según contrato de 30 de agosto de 1866, modificado el 31 de octubre siguiente.
El 2 de agosto de 1870 el Secretario de Fomento Don Salvador Camacho Roldán contrató con Victoriano Paredes la construcción de la línea telegráfica entre Facatativá y Honda. La Casa Municipal se hizo en 1882 bajo la administración del Gobernador Daniel Aldana, quien el 28 de febrero del mismo año firmó contrato de construcción del ferrocarril de la Sabana. El 26 de julio de 1886 su sucesor General Jaime Córdoba contrató su terminación con Carlos Tanto y otros. El 8 de marzo de 1907 se inauguró el edificio de la cárcel distrital.
El 13 de febrero de 1909 llegó la primera locomotora del ferrocarril de Girardot, cuya estación se hizo frente a la del Ferrocarril de la Sabana debido a que la línea de aquel era más ancha, lo que obligaba al transbordo de pasajeros y carga; en 1926, en un día y una noche se ensanchó la carrilera del de la Sabana igualándola a la otra, siendo Ministro de Obras Públicas el Doctor Laureano Gómez. En 1933 se inauguró la plaza de ferias, una de las primeras del centro del País.
El 6 de mayo de 1940 en la plaza de su nombre se erigió al General Santander un busto, conmemorativo del primer centenario de su muerte. El 18 de diciembre de 1972 murió Monseñor Raúl Zambrano Camader, primer Obispo de la Diócesis, en accidente de aviación ocurrido en las laderas del cerro de "El Tablazo". En una esquina del lote destinado para matadero público, cuya obra la inició el 5 de enero de 1884, se puso la primera piedra para el hospital el 1 de marzo del mismo año.
Fue Promotor el Párroco Fray Pedro Salazar que se construyó con aportes del Municipio, el Departamento y con contribución de los vecinos. Conforme a la Constitución de la Provincia de Cundinamarca de 1815, Facatativá fue incluída en el Cantón de Bogotá. Por Ley 46 de 29 de abril de 1905 Cundinamarca fue dividida en dos Departamentos Quesada y Cundinamarca. Facatativá fue erigida de capital del Departamento de Cundinamarca por Decreto Nacional 431 de 10 de mayo de 1905, el Gobernador fue Belisario Ayala.
Existió este Departamento hasta el 28 de abril de 1910, suprimidos estos por Ley 65 de 14 de diciembre de 1909 que reconstituyó el Departamento de Cundinamarca con Capital Bogotá. En 1878 los Doctores Julio A. Corredor y Mariano Manrique fundadores del Colegio de la Independencia; en 1886 el Doctor Constacio Franco V. fundó el Colegio de la Paz. Por Decreto 93 de 16 de noviembre de 1906 se creó la Escuela Normal de Institutoras. Por Decreto 98 de diciembre 4 del mismo por el Gobernador Eliseo Medina; El Colegio de la Presentación y de Nuestra Señora del Carmen. Por Decreto No. 163 bis de 19 de julio de 1908, del Gobernador Eliseo Ortiz se creó
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