Fómeque en Chibcha quiere decir tu Bosque de los Zorros, según Acosta Ortegón, de Fu, Zorra, me, tu y que o quie, bosque hasta los primeros años de la colonia se decía Fumeque. El nuevo pueblo indio fue fundado por Luis Enriquez el 19 de junio de 1600, formado de la unión de tres poblamientos aborígenes congregados en el sitio de Bosabita; eran Pausaga, Fumeque y Susa.
El 1 de mayo de 1601, contrató en Santafé al albañil Hernado Arias para construír una Iglesia.El 3 de abril de 1630 se contrató la construcción de una nueva con Alonso Rodríguez. En la visita de Moreno y Escandón de 9 de enero de 1779 había 111 indios y los vecinos, según informe del Cura Manuel Andrade eran 1.720 en 354 familias.
El viernes 18 de octubre de 1793 un terremoto causó graves daños en los pueblos de la Provincia de Oriente, particularmente en Fómeque, cuya iglesia quedó casi destruída. Al saberse el grito de independencia de 1810 el Alcalde y Cura de Fómeque formaron un contingente de patriotas que se unieron a los de Ubaque y Choachí al mando del Cura Estévez y marcharon a Santafé para ponerse a órdenes de la Junta de Suprema.
En 1603 el Curato de Fómeque fue erigido en Vicaría con el nombre de Santa Ana; 1743 se llamó de la Pura y Limpia Concepción de Nuestra Señora, al que luego se le agregó de Fómeque. En 1662 era Cura Fray Fernando de Salcedo año del cual datan las primeras partidas parroquiales. de 1797 a 1799 fue Cura el célebre patriota Andrés Rosillo. El 26 de septiembre de 1854 se libró en la población un combate entre las fuerzas de los querrilleros Carlos Muñoz y Carlos Bonitto contra las dictadoras del General José María Melo comandadas por Bonifacio Ramos a quien rindieron.
En la confluencia de los ríos Blanco y Negro se encuentra el caserío de "La Unión" fundada en 1875, uno de los primeros sitios turísticos del Departamento muy famoso durante la administración del Presidente Abadía Mendez. Fue elevado a categoría de Inspección Departamental de Policía por Ordenanza 37 de 5 de agosto de 1935. En 1967 los señores Luis Alfredo Almamza y Carlos Tiburek estableció una fabrica de enlatados de vegetales, denominada "Enlatadora Colombo Alemana".
En la jurisdicción se encuentra la represa de Chingaza que alimenta de agua a Santafé de Bogotá.