La palabra FÚQUENE está compuesta por Fu – Quyny, que quiere decir “LECHO DE LA ZORRA” o lecho del dios FO o FU, a quien se le rendia culto en la isla grande de la laguna de Fúquene, que en época de la conquista española se manejaba como refugio indigena.
A finales del siglo XVI los indios descendientes de los Muiscas vivian en tres rancherias, a saber: FÚQUENE – NEMOGA Y COBA.
El 2 de agosto de 1.600 el visitador, Oidor Luis Enriquez, ordena en Cucunubá, poblar los indios de Fúquene y Nemogá en el sitio de Guavachoquebita, en el que se fundaba el nuevo pueblo de Simijaca, para lo cual se comicionó a Juan López de Linares como “Juez Poblador”, quien así hizo constar el día 11 de ese mes, al notificar su comisión al encomendero y capitanes, dándoles a entender cómo ya debian poblar y pasar el pueblo de Simijaca al sitio señalado por el Oidor dándoles un término de ocho días.
El 20 de agosto el Oidor ordena buscar y sacar de sus ranchos, quemar y llevar obligados a los habitantes de Nemogá y Simijaca. El 27 de agosto el encomendero Domingo Guevara se declara opuesto al traslado de los indios.
El 30 de Noviembre de 1.600 Juan López informaba sobre la repoblación de Simijaca por los nativos de Fúquene y Nemogá, cumpliendo con las leyes de Indias de casas, plaza e iglesia.
La Iglesia se comenzó a construir en Fúquene desde 1601, pues el 7 de agosto de este año el alarife Juan Gómez de Grajeda decía que también estaba encargado de hacer la de Fúquene y daba poder a Juan Gómez de Narváez para que la continuara junto con la de Susa.
En desarrollo del mandato de la Real Audiencia se ordenó repoblar en su propia tierra, y para ello se comisionó al corregidor del rincón de Ubaté Don Diego Gómez de Cárdenas, quien lo ejecutó a mediados del año siguiente de 1603, según constancia del cura doctrinero de Fúquene.
La población que hizo el corregidor Gómez de Cárdenas no perduró, pues el sábado 6 de noviembre de 1638 procedente de Suta llegó de visita el Oidor Gabriel de Carvajal, quien no encontró sino la iglesia por que los indios se habían dispersado abandonando el pueblo, caso frecuente.
El 16 de noviembre de 1638 se profirió auto de poblamiento de indios de Fúquene alrededor de la iglesia, cuyo texto es el siguiente:
“En el pueblo de Fúquene y Nemogá a 16 de Noviembre de 1638 el señor Licenciado Don Gabriel de Carvajal del Consejo de su Majestad, su Oidor y Alcalde de Corte en la Real Audiencia desde Nuevo Reino de Granada, Visitador general del Partido de la ciudad de Santafé y los demás de su comisión dijo:
Que de la pesquisa secreta de la visita de los indios de los dichos pueblos de Fúquene y Nemogá de la encomienda de Don Juan de Borja.
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