Los primitivos pobladores fueron los colimas y su primer encomendero el descubridor Pedro Nel Acero Sotelo. No hay constancia de que en el sitio el Batán de Topaipí, como antes se dice se hubiese fundado. El nuevo pueblo Indio pues tampoco hasta 1643 s e habla de él. A medida que se fueron extinguiendo los indios y refundiéndose los restos de población de unos en otros fueron reduciéndose a uns solo lugar, en el que finalmente vino a conformarse un pueblo con el nombre de Topaipí, en fecha que no se ha podido establecer, aunque se debe al Oidor Lesmes de Espinosa en 1617 al haber sido proponente o gestor.
En junio de 1786 el cura de Topaipí Don José Bernanrdo García Badillo dijo que no había en este pueblo sino caterce indios tributarios. El 22 de enero de 1787 el fiscal dispuso que debía extinguirse y agregar sus indios al más próximo que era Terama. D ecretada la extinción del pueblo, de los 14 indios resultaron 148 que estaban escondidos en las montañas protestando contra la demolición y presentaron un memorial al virrey.
El 6 de febrero de 1806 el cura Ambrosio Antonio de Vargas de la Palma manifestaba no haber conseguido que los naturales hicieran casa en Terama. El 29 de octubre de 1806 se restableció el pueblo y el Curato de Topaipí y el 22 de noviembre de se nombró cura a José Segundo Pérez, la viceparroquia se llamó Guayabal de Topaipí. Por Ordenanza No. 40 de 20 de octubre de 1856 de la Legislatura Provincial de Bogotá se suprimió la Aldea de Topaipí y su territorio se agregó al de la Palma.
Por Ley C de 14 de noviembre de 1857 se creó el Departemento de Guaduas; en el cual fue incluído el Distrito de Topaipí a cuya cabecera se le dió el título de Aldea. Por Decreto del Gobernador de Zipaquirá de 18 de abril de 1868 se creó el cargo de Cor regidor de Guayabal de Topaipí dependiente del alcalde de La Palma. Por Ley C de 15 de diciembre de 1879 se restableció el Distrito y se determinaron sus límites. Por Decreto Departamental No. 95 de 2 de mayo de 1914 el nuevo municipio de Topaipí se incor poró a la provincia de Facatativá.
La Ordenanza No. 24 de 31 de marzo de 1914 creó al municipio de Topaipí. El 11 de febrero de 1926 se hizo cargo de la provincia el padre Ruperto Aguilera, quien con su primo el historiador Miguel Aguilera y por Gestión del doctor Jorge Roa presentaron un proyecto de Ordenanza para clarificar la situación de la población que unas veces lo anexaba al Peñón y otras a Yacopí. Finamente la Ordenanza No. 62 de 3 de mayo de 1927 creó los municipios de San Bernanrdo y Topaipí.
Hechos Notables
A finales del siglo pasado se explotaron las fuentes salinas de "Honduras", "Ibaura", "Guachipay", "Nescorbuche", "Moray" y "Sardinas". El 2 de julio de 1927 se inauguró el municipio, fecha consagrada en una medalla conmemorativa que mandó hacer el pad re Aguilera León para obsequiarla a los asistentes al acto. En 1912 Aristides Rojas organizó la Banda Municipal que dirigió el maestro Ramón Casasbuenas. El Chicalá es el árbol representativo o simbólico del pueblo, se dice que existe en la plaza fue semb rado por Don Matías Rueda.