Zipacón fue dominio de los Chibchas, quienes mantenían allí una guarnición para espiar a los Panches, que por el Boquerón de este lado solían invadir frecuentemente su territorio. Se dice que el Zipa acostumbraba pasar sus horas de meditación y de tristeza allí, por lo cual se le ha dado a la palabra Zipacón el significado de Llanto del Zipa, aunque en el diccionario Chibcha de Joaquín Acosta Ortegón quiere decir aliado de nuestro padre.
El poblado es de la era precolombina. Sus tierras fueron colonizadas en 1630, y el 11 de Noviembre de 1639 se erigió en Parroquia por el arzobispo Fray Cristóbal de Torres; fue primer párroco el bachiller Bernabé de Osorio, en 1651 le sucedió fray Jerónimo de Poveda y Másmeala, que lo fue hasta 1675, en que lo remplazó Pedro de Urretauzqui, quien duró allí treinta y tres años.
El Padre Urretauzqui desarrolló una labor más allá de su simple mandato espiritual en bien de la comunidad en todos sus aspectos. Intensificó las festividades religiosas y el comercio, pues entones Zipacón era una plaza de intercambio de Productos de la tierra fría y caliente, estableció las primeras escuelas, dedicándose a la alfabetización de niños y adultos, organizó los bienes de la Parroquia, especialmente sus numerosas fincas, que puso a cargo del mayordomo don Juan Clavijo, y con su producido dotó y mejoró la Iglesia, en la que se encuentran aún verdaderas joyas de la pintura colonial, entre estas el cuadro de Nuestra Señora de Monguí, adquirido en 1818.
El 2 de Mayo de 1805 los cuantiosos bienes raíces de la Iglesia fueron traspasados ante notario público al prócer de Zipacón don José Antonio Rubio.
Las gentes recuerdan hoy y consta en el folleto sobre Zipacón escrito por el Padre Eugenio Andrade Valderrama, a don José Antonio Rubio como uno de los primeros abanderados de la libertad de los esclavos en Colombia. Dice "Al desaparecer sus padres, D. Pedro Rubio y Dña. Toribia León, convocó como primogénito a sus hermanos José, Pedro, Catalino, Josefa, Joaquina, Guadalupe y Rita, para promover la partición de los valiosos bienes heredados. Fiados en la rectitud del hermano mayor, le otorgaron pleno poder para el reparto. Fue así como el prócer distribuyó entre ellos tierras, ganados, alhajas y dineros, reservándose para sí nada más que los muchos esclavos que hacían parte del patrimonio. El reparto fue elevado a escritura pública, y a los pocos días la familia vio con asombro como José Antonio manumitía a todos los esclavos y se quedaba sin patrimonio alguno".
Don José Antonio Rubio nació en Zipacón en 1763 y murió en 1839.
Dice el citado folleto que en Jurisdicción de Zipacón se formaron los pueblos de La Florida y Cachipay, hoy de Anolaima, y los de La Capilla y El Ocaso, que Aún le pertenecen.
El padre Poveda organizó una misión en el sitio llamado La Puerta de Cachipay, y edificó una capilla en Anatolí es hoy vereda del municipio de La Mesa.
En su jurisdicción se encuentra la Inspección Departamental de Policía de El Ocaso, creada por Ordenanzas 25 de 1948 y 16 de 1961.
<b>LIMITES</b>
Por Ordenanza 36 de 31 de julio de 1945 se aprobaron los límites dados por el Instituto Agustín Codazzi, así:
a) Con el Municipio de Facatativá
b) Con el Municipio de La Mesa
c) Con el Municipio de Bojacá
d) Con el Municipio de Anolaima